En el libro del Éxodo de la Biblia, redactado definitivamente en el siglo V a.C., se narran los episodios más conocidos de su vida, empezando por su salvación milagrosa cuando era un bebé y sus padres, para burlar la orden del faraón de exterminar a todos los varones judíos, lo lanzaron al Nilo en un cesto que recogería la hija del faraón.
Otras fuentes ofrecen un relato distinto. Por ejemplo, el sacerdote egipcio Manetón (siglo III a.C.) cuenta que en tiempos de Amenofis Egipto sufrió una plaga y que un grupo de personas contagiadas decidieron marchar a Palestina. En el camino se refugiaron en Avaris, antigua capital de los hicsos, y allí eligieron como líder a Osarsef, un sacerdote egipcio de Heliópolis. Osarsef dictó una ley absolutamente opuesta a la de los egipcios, y tras aliarse con los hicsos conquistó el país del Nilo y adoptó el nombre de Moisés (el cual, en efecto, procede del egipcio mose, «he nacido», del mismo modo que en el caso del faraón Tutmosis: «[el dios] Toth ha nacido»).
Tanto la biblia como los cronistas posteriores mencionan siempre a propósito de Moisés su papel de líder religioso, las relaciones con la población asiática y la enfermedad (plaga). Algunos estudiosos han encontrado estos tres elementos en una fase concreta de la historia del antiguo Egipto: la dinastía XVIII (1552-1305 a.C.). En este lapso de tiempo Egipto sufrió tres experiencias que le afectaron profundamente: la dominación de los hicsos, la revolución religiosa llevada a cabo por el faraón Akenatón –quien suprimió los cultos tradicionales e impuso el culto a Atón, el disco solar– y una plaga de peste que asoló Oriente Medio.
En la década de 1930, Sigmund Freud señaló la semejanza entre el culto de Atón y el de Yahvé, y consideró que Moisés era en realidad un egipcio que transmitió a los judíos el monoteísmo de Akenatón. El padre del psicoanálisis sostiene que Moisés no es judío, sino egipcio. Los judíos, siempre según la tesis de Freud, asesinan a Moisés, abandonando la religión que éste les había transmitido, olvidando este hecho, colectivamente, al cabo de un tiempo. Cuando, posteriormente, este recuerdo reprimido sale a la superficie, se originan el pueblo judío y su religión. Autores posteriores han desarrollado explicaciones más elaboradas.
Esta teoría vincula a Moisés estrechamente con el faraón Akenatón (1353-1336 a. C.), quien estableció su propia creencia monoteísta en el dios Atón, a diferencia de cualquier otro dios y más poderoso que todos, en el quinto año de su reinado. El monoteísmo de Akenatón puede haber nacido de un genuino impulso religioso o podría haber sido una reacción contra los sacerdotes del dios Amón, que se habían vuelto casi tan ricos y poderosos como el Trono. Al establecer el monoteísmo y prohibir el culto a todos los antiguos dioses de Egipto, Akenatón eliminó, efectivamente, cualquier amenaza del sacerdocio a la corona. La teoría desarrollada por el escritor Joseph Campbell y otros (siguiendo los pasos de «Moisés y la Religión Monoteísta» de Sigmund Freud) es que Moisés era un sacerdote de Akenatón que sacó de Egipto a seguidores con ideas afines después de la muerte de Akenatón, cuando su hijo, Tutankamón (c. 1336-1327 a. C.), restauró a los antiguos dioses y prácticas religiosas. Otros eruditos incluso equiparan a Moisés con el propio Akenatón y ven la historia del Éxodo como una representación mitológica del intento honesto de Akenatón de una reforma religiosa.
Jan Assmann considera que los sucesos traumáticos que vivieron los egipcios en la dinastía XVIII originaron un relato mítico en el que aparecían invasores asiáticos, un líder religioso y una plaga. Como el recuerdo de Akenatón, el faraón hereje, quedó borrado, su puesto lo ocupó un nuevo protagonista, Moisés. La tradición oral egipcia sería luego adoptada por los cronistas judíos que redactaron la Biblia.